【2025年】ECサイトおすすめの在庫管理システム10選:メリットや選び方も解説

ECサイト運営に欠かせない在庫管理システムを知っていますか。ECサイトの運営において、在庫管理は売上や顧客満足度に直結する重要な業務です。

しかし、手動での管理や非効率なシステムでは、欠品や在庫過多によるコスト増が避けられません。そんな課題を解決するのが、在庫管理システムです。

今回は、2025年におすすめの在庫管理システム10選を徹底解説します。

各システムのメリットや選び方、導入時の注意点も紹介しますので、最適なシステム選びにぜひお役立てください。

▼この記事でわかること

  • ECサイトにおける在庫管理システムの基本とメリット
  • 導入時の注意点や費用に関するポイント
  • 2025年おすすめの在庫管理システム10選
  • システムを選ぶ際に重要なポイントや活用方法

この記事を読むことで、効率的な在庫管理が実現し、ECサイト運営をよりスムーズに進める方法がわかります。

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ECサイトの在庫管理システムとは

ECサイトにおいて在庫管理システムは中心的な役割を担っています。商品在庫数をリアルタイムで把握し、入出庫の管理や発注の最適化を行います。

在庫管理システムを導入することで、在庫の不足や過剰を防げ、手作業でのミス減少で業務の効率化が進みます。

さらに、在庫管理システムは販売データを分析するのにも役立ちます。売れた商品のデータや販売時期が見える化されることで、季節に応じた商品提案や売上予測が可能になります。

ECサイト在庫管理システム導入における3つのメリット

ECサイト運営で在庫管理システムを導入する場合どのようなメリットがあるでしょうか。

ここではECサイト在庫管理システム導入におけるメリットを3つ紹介します。

在庫管理システムの導入を検討している方はぜひ参考にしてください。

ECサイト在庫管理システム導入のメリット3つ

  • 仕入れ数量が予測できる
  • 在庫状況をいつでも把握できる
  • 受注管理でリードタイム短縮

メリット①|仕入れ数量が予測できる

在庫管理システムを導入することで仕入れ数量を適切に予測できます。現在の在庫数を把握することで、余分な在庫や欠品を防げます。

在庫が過剰だと、売れ残りの原因となり、発注コストや管理費用が無駄になります。また、不良在庫のリスクも増えます。一方、在庫が不足し欠品が続くと、顧客の信頼を失う可能性があります。

こうしたリスクを避けるためにも、在庫管理システムを導入し、効果的かつ適切な仕入れを実現しましょう。

メリット②|在庫状況をいつでも把握できる

在庫管理システムを導入することで在庫状況を一目で把握できるようになります複数店舗の在庫状況やECでの在庫状況を一括で管理できます。

同時管理で突然の欠品時にも店舗間での商品補填がしやすくなります。店舗ごとの売れ行きを見ながら適切な商品配置をするのにも役立ちます。

販売機会を無駄にせず、効率的な販売機会を作れます。

メリット③|受注管理でリードタイム短縮

在庫管理システムを導入することで劇的なリードタイムの短縮が可能です。

在庫管理システム導入以前は、手作業で在庫管理を行う流れが一般的でした。しかし在庫数の誤りや長い時間を要することが課題でした。

しかし、近年では在庫管理システムの進化で受注情報と在庫管理による倉庫連携が可能になりました。注文と同時に倉庫への情報伝達がされ、リードタイムが劇的に短縮されました。

目視で在庫数を数える必要もなくなったため在庫数の誤りもなくなり、業務効率化へ大きく貢献しています。

ECサイト在庫管理システム導入における2つのデメリット

在庫管理システムの導入によって大きなメリットがある反面、デメリットも存在します。

ここではECサイト在庫管理システム導入におけるデメリットを2つ紹介します。

デメリットもしっかりと把握したうえで導入の検討を行いましょう。

▼ここで紹介する在庫管理システム導入のデメリット2つ

  • 慣れるまで時間がかかる
  • 初期・月額費用がかかる

デメリット①|慣れるまで時間がかかる

新たなシステムの導入にあたっては以前との大きな業務変更を要したり、慣れるまでに多くの時間を要します。

業務内容が変わったり、システムに詳しい人が少ない場合、ミスが起こったり、仕事がやりにくく感じる場面があるかもしれません。

そのため、リスクに備えてマニュアルを作成したり、システムに精通した人を配置することが大切です。研修期間中にスタッフの不安や疑問を解消し、安心感を与えることで、より早く新しい業務に慣れるサポートをしましょう。

デメリット②|初期・月額費用がかかる

新たなシステムを導入する際にコストが発生することはつきものです。多くのシステムで導入時には初期費用がかかるうえ、固定費用として管理費などの月額費用が発生します。

システム導入で業務効率化や人件費削減の期待が出来る反面、新たな費用捻出の必要性も理解しておきましょう。

システムの導入にかかる初期費用や月額費用は、選ぶシステムによって異なります。初期費用がかからないものもあれば、数十万円かかるものもあります。月額費用も、プランによっては数万円で済むものもあれば、数十万円かかるものもあります。

ECサイト在庫管理システムにおける3つの選び方

在庫管理システムと一括りに言っても提供されているサービスは多様です。

ここではECサイト運営における在庫管理システムを選ぶ際のポイントを3つ紹介します。

在庫管理システムを選ぶ際のポイント3つ

  • 導入目的を明確にしているか
  • 自社のビジネスモデルに適しているか
  • カスタマイズ機能が充実しているか

選び方①|導入目的を明確にしているか

導入目的を明確にしているかは在庫管理システムを選ぶ際の重要なポイントです。

「なんとなくメリットがありそうだから」という曖昧な理由でシステムを導入するのは避けましょう。

導入にかかるコストが適切だったか、またその効果があったのかを明確にするために、導入前に目的をしっかりと設定しておきましょう。

目的をはっきりさせることで、システム選びもスムーズに進みます。

システムごとに機能や重視している点は異なるため、導入目的を明確にすることで、目的に合ったシステムを選びやすくなります。

選び方②|自社のビジネスモデルに適しているか

自社のビジネスモデルに適しているかもシステム選びの大切な要素です。

自社がどのような商品やサービスで価値を提供したいのか、どのような収益モデルを掲げているかに応じてシステムを選びましょう。

適切なシステムを導入することでより効率的に業務が可能になります。

選び方③|カスタマイズ機能が充実しているか

カスタマイズ機能が充実しているかもシステム選びの重要なポイントです。

カスタマイズ機能の充実度は、システム選びにおいて重要なポイントとなります。

カスタマイズ機能が充実していると、事業成長や変化に応じて柔軟に対応できるようになります。また、既存システムと連携しやすくなるため、業務全体の効率化を進められます。

長期的な運用においても大きな効果を発揮する可能性があります。システムを選ぶ際には、カスタマイズ機能がどれほど充実しているかを確認しましょう。

【2025年】ECサイトでおすすめの在庫管理システム10選

ECサイトの需要の高まりとともに在庫管理システムも多様化しています。

ここではECサイト運営におすすめの在庫管理システムを厳選して10個紹介します。

それぞれの特徴や料金プランなどをわかりやすく解説します。ご自身のニーズに合った在庫管理システム選びにお役立てください。

ここで紹介するおすすめの在庫管理システム10選

  • GoQSystem
  • TEMPOSTAR
  • ネクストエンジン
  • アシスト店長
  • 助ネコ
  • mylogi
  • CROSS MALL
  • CAM MACS
  • ロジクラ
  • LOGILESS

システム①|GoQSystem

引用元:GoQSystem

GoQSystemは株式会社GoQSystemが提供するECサイト一元管理システムです。

2025年1月時点で、GoQSystemの利用社数は全サービス累計で50,600社を超えるなど圧倒的な支持を誇っています。

GoQSystemではサービス内容に応じた5つのプランを展開しています。どのプランでも定額制を採用しており、注文数がどれだけ増えても月額費用が変わらない、嬉しい料金プランが特徴です。

サポート体制も充実しています。メールによる相談は24時間365日受付可能、電話やチャットも対応しており緊急時の対応も行っています。

項目 内容
サービス名 GoQSystem
運営会社 株式会社GoQSystem(GoQSystem Inc.)
初期費用
  • フリープラン:0円
  • 受注管理プラン:30,000円
  • 受注・在庫連携管理プラン:40,000円
  • 受注・商品・在庫連携管理プラン:50,000円
  • 受注・商品・在庫連携出荷管理プラン:100,000円
料金プラン
  • フリープラン:0円
  • 受注管理プラン:15,000円
  • 受注・在庫連携管理プラン:29,800円
  • 受注・商品・在庫連携管理プラン:44,800円
  • 受注・商品・在庫連携出荷管理プラン:64,800円
公式ホームページURL https://goqsystem.com/

システム②|TEMPOSTAR

引用元:TEMPOSTAR

TEMPOSTARは、SAVAWAY株式会社が提供するECサイト業務一元管理システムです。

受注管理機能や在庫管理機能、商品管理機能といった基本的な在庫管理システムに加え、送り状連携やメール送信機能、複数倉庫連携まで運用効率を上げるための徹底的なサービスが強みです。

TEMPOSTARはASPでありながら個別のご要望に対しても柔軟なカスタマイズで対応可能で事業の成長に合わせた拡張対応が可能です。

カスタマーサクセス担当による運用支援や活用支援も対応しており、安心のサポートも充実しています。

 

項目 内容
サービス名 TEMPOSTAR
運営会社 SAVAWAY株式会社
初期費用 初期費用無料
料金プラン
  • スタータープラン:1,650円/月
  • クイック導入プラン:11,000円~/月
  • スタンダードプラン:11,000円~/月
  • カスタマイズプラン:要相談

※その他商品課金や受注課金あり

公式ホームページURL https://commerce-star.com/

システム③|ネクストエンジン

引用元:ネクストエンジン

ネクストエンジンは、NE株式会社が提供するEC業務一元管理システムです。これまでに6,000社以上の導入実績を持つ信頼の厚い在庫管理システムです。

全店舗分の受注を一元管理し、受注業務に関する業務を自動化、出荷業務の効率化に至るまでのEC運営のあらゆるサポートに対応しています。

出店可能なモールは業界最大級の50以上で既存システムも豊富に連携可能な点が強みです。

料金プランもわかりやすいワンプランを採用し、月々の販売実績に応じた従量課金制をとっています。

項目 内容
サービス名 ネクストエンジン
運営会社 NE株式会社
初期費用 初期費用無料
料金プラン 基本料金3,000円/月(受注数200件まで)

+従量課金制

公式ホームページURL https://next-engine.net/

システム④|アシスト店長

引用元:アシスト店長

アシスト店長は、株式会社ネットショップ支援室が運営するEC業務一元管理システムです。

受注・在庫管理業務、メール配信や顧客管理などの手間・時間・人件費を全てカバーして一元管理を可能にした特徴を持っています。

楽天市場やAmazonなど各モールとの連携も強化しており急な仕様変更にも対応可能です。またクラウド型システムのため複数拠点での在庫管理にも対応しています。

料金プランは3つ用意されており、ご自身の販売規模に応じた適切なプランを選択可能です。

項目 内容
サービス名 アシスト店長
運営会社 株式会社ネットショップ支援室
初期費用
  • 受注管理機能 共用サーバープラン:50,000円
  • 受注管理機能 専用サーバープラン:200,000円
  • 在庫管理機能:30,000円
料金プラン
  • 受注管理機能 共用サーバープラン:25,000円(~1,000件)

※以降従量課金制

  • 受注管理機能 専用サーバープラン:100,000円(5,500~30,000件)
  • 在庫管理機能
    • 20,000円(~1,000件/SKU数)
    • 30,000円(~5,000件/SKU数)
公式ホームページURL https://assist-tencho.com/

システム⑤|助ネコ

引用元:助ネコ

助ネコは、株式会社アクアリーフが提供するEC業務一元管理システムです。

複数のECサイトの受注データを一括管理、商品在庫数も一括管理可能なため売り越しや売り逃しのリスクを削減できます。

複数商品をまとめて登録可能で一括アップロードにも対応しています。さらに発注管理も完全自動化するなど、徹底した業務効率化が強みの在庫管理システムです。

料金プランは6種類から構成されておりご自身の販売規模に応じて適切なプランを選択可能です。定額基本料と販売数に応じた従量課金制となっています。

項目 内容
サービス名 助ネコ
運営会社 株式会社アクアリーフ
初期費用
  • Lite・ベーシック版・Plus:3,000円
  • Premium:別途見積もり
料金プラン
  • Lite:2,100円(101件から従量課金)

ベーシック単一モール:15,750円(301件から従量課金)

ベーシック複数モール:21,000円(301件から従量課金)

ベーシック1年課金:42,000円(5,001件から従量課金)

  • Plus:84,000円
  • Premium:別途見積もり
公式ホームページURL https://www.sukeneko.com/

システム⑥|mylogi

引用元:mylogi

mylogiは、株式会社mylogiが提供するEC業務一括管理システムです。

受注代行から在庫管理、物流代行までのサービスを一人ひとりに合わせた柔軟な対応が可能です。大手物流サービスにはないきめ細やかな出荷作業、臨機応変な受注対応、効率的な在庫管理を提供しています。

mylogiは少量の出荷やこだわりの梱包など丁寧な対応が強みです。スタートアップの企業や新規事業で規模がまだ大きくない、現在は出荷数が多くないといった業者をメインにサービスを行っています。

項目 内容
サービス名 mylogi
運営会社 株式会社mylogi
初期費用 初期費用無料
料金プラン
  • ベーシック:15,000円(~300件)
  • Standard:30,000円(~1,000件)

※制限数以上従量課金

  • Premium:60,000円(無制限)

※従量制限なし

公式ホームページURL https://system.mylogi.jp/

システム⑦|CROSS MALL

引用元:Cross Mall

Cross Mallは株式会社アイルが提供するEC業務一括管理システムです。

商品登録から在庫管理、受注管理や発注・仕入れまで一元管理でネットショップ運営を最適化する提案を行っています。複数のショップの販売実績を多角的に分析するなど販売促進に注力したサービスが強みです。

料金プランは分かりやすい4つのプランで構成されています。商品登録数に応じた料金形態で販売サイトが増えるごとに課金される制度になっています。

項目 内容
サービス名 CROSS MALL
運営会社 株式会社アイル
初期費用 初期費用無料
料金プラン
  • プラン1000:10,000円×サイト数(商品登録数1,000点まで)
  • プラン3000:15,000円×サイト数(商品登録数3,000点まで)
  • プラン5000:20,000円×サイト数(商品登録数5,000点まで)
  • プラン15000:25,000円×サイト数(商品登録数15,000点まで)
公式ホームページURL https://cross-mall.jp/

システム⑧|CAM MACS

引用元:キャムマックス

CAM MACSは、株式会社キャムが提供する中小企業向けのEC業務一括管理システムです。2025年1月時点で導入実績は100社以上、利用継続率は98.3%と高い支持を誇っています。

CAM MACSは導入やカスタマイズのための莫大なコスト、運用・保守の専任者が不要です。導入ハードルをできる限り低くした中小企業に向けたサービスが強みです。

料金プランは基本料50,000円+ライセンス料が月額費用です。ライセンス料は1ライセンスにつき20,000円となっており、契約ライセンスが増えるごとの課金制です。

項目 内容
サービス名 CAM MACS
運営会社 株式会社キャム
初期費用 月額利用料の一か月分を初回入金時に入金
料金プラン 基本料金50,000円+ライセンス利用料20,000円/1ライセンス

※契約ライセンス数によって変動

公式ホームページURL https://www.cammacs.jp/

システム⑨|ロジクラ

引用元:在庫管理ソフト「ロジクラ」

ロジクラは株式会社ロジクラが提供するEC業務一括管理システムです。累計アカウント数は2025年1月時点で36,000社以上と多くの業者からの指示を得ています。

ロジクラはトラブルリスクを最小限に抑えつつ、事業成長を後押ししてくれる充実のサービス内容が特徴です。低コストで導入できる点も魅力の一つです。

料金プランは2種類用意されています。Liteプランは月の出荷数300件までを1拠点利用で月12,800円です。

Premiumプランでは月の出荷数2,000件までを2拠点利用で月40,000円です。通販事業者や小売店舗向けのエンタープライズ機能や料金プランも用意されています。

項目 内容
サービス名 ロジクラ
運営会社 株式会社ロジクラ
初期費用 初期費用無料
料金プラン
  • Lite:12,800円/月(年間契約時)
  • Premium:40,000円/月(年間契約時)
公式ホームページURL https://logikura.jp

システム⑩|LOGILESS

引用元:LOGILESS

LOGILESSは、株式会社ロジレスが提供するEC業務一括管理システムです。

受注から出荷までの業務や在庫連携を自動化し、様々な条件に応じた自動処理も簡単に設定、すぐに反映することが可能です。

物流コストの削減に力を入れており、複数拠点からの出荷を可能にしたり顧客に最適な物流倉庫を提案してくれるのがLOGILESSの特徴です。

導入社数は2025年1月時点で1,300社以上、年間出荷件数3,000万件以上と豊富な信頼と実績を持っています。

項目 内容
サービス名 LOGILESS
運営会社 株式会社ロジレス
初期費用 初期費用無料
料金プラン 基本料金20,000円+出荷件数に応じた従量課金制(500件までは無料)
公式ホームページURL https://www.logiless.com/lp/

ECサイトの在庫管理に関するよくある質問

ECサイトの在庫管理に関するよくある質問を2つ紹介します。

Q1|ECサイトの在庫管理導入時の注意点とは

ECサイトの在庫管理導入時の注意点はいくつか挙げられます。

まず自社の業務フローに適合しているかは大きなポイントです。既存システムや業務フローに適合しているかは導入時に欠かさず確認しましょう。

システムの拡張性や将来性があるかも重要な注意点です。事業が成長するに伴い必要に応じて機能が追加できるカスタマイズ性能の有無は在庫管理システムを選ぶポイントでもあります。

その他サポート体制は充実しているか、複雑で管理の難しい操作が多くないかなどの項目に注意し、自身のニーズに合ったシステム導入を行いましょう。

Q2|クラウド型の在庫管理システム費用相場はどのくらい?

EC業務一括管理システムは大きくクラウド型とオンプレミス型の2種類に分類されます。

クラウド型の費用相場は月額1,000円〜20,000円です。クラウド型は初期費用が安く管理できますが、ランニングコストがかかります。

また、利用規模や機能によって費用が大きく変動します。

一方自社でシステムを保有・運営するオンプレミス型は導入コストやメンテナンス費用が高い傾向にあり、相場は月額300,000円から350,000円です。

まとめ

ECサイトの運用には在庫管理システムを導入することで大きく業務効率化に繋がります。

在庫管理システムでより正確な在庫管理が可能となり、手作業での業務によってかかっていた時間の削減も可能です。

大きなメリットがある反面デメリットも存在することを紹介しました。ご自身のニーズに沿ったものかしっかりと検討し、納得のいく在庫管理システム選びを行ってください。

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